医疗机构和三甲医院有区别，是整体和局部的关系。

医疗机构是一种统称，凡是具有相关资质，可以合法开展疾病的诊治，预防保健等相关业务的单位都可以成为医疗机构。各种公立医院，民营医院，个体诊所，妇幼保健院，专科医院，精神卫生中心等等都可以被称为医疗机构。在这些医疗机构中，根据医疗机构的能力，人员条件等各方面详细的规定，又可以分为一级，二级，三级医疗机构，其中，三级甲等医院是我国目前最高级别的医院，三甲医院也是医疗机构中的一种。