社保卡住院期间费用按照医保卡金额扣除外，其于金额可以在社保卡上扣除。

住院期间除了医保卡上的余额扣除外，自付款部份可以从社保卡中扣除，也可以用现金，微信，支付宝，银行卡支付。只要是社保卡的金融功能有钱，从中扣除是比较方便的。