事业编档案不合格是会通知本人的。如果是招聘进入事业单位的，在入职前审档过程中，如果出现档案不合格，会通知本人，并进一步进行核对，本着对入职者负责的态度与本人进行沟通，如果确实不合格，就不会被录用，如果能够说明或者补充，就会被录用的。祝你顺利！