三方协议档案没有填没有影响。三方协议的内容，主要是关于你自己工作的职位、薪资数额、任职的要求、违约责任等方面的内容。档案没有填没有影响，只要用人单位名称、地址等在三方协议上写清楚了的，学校会按三方协议的地址转移你的档案。