北京乘公交车刷卡发现扣费不对时可以按照公交车车厢内张贴的乘车监督电话打电话进行投诉，投诉时要说明乘坐的公交线路、乘车时间和上下车时间以及误扣费金额等信息和本人的姓名、联系电话等信息。相关部门通过系统查询后可联系退费。