个人档案里一般没有入团申请书，是因为入团申请书不是在入团过程中最主要的材料，没有必要进入个人档案長期保存。

入团过程中最主要的材料是入团志愿书，上面有本人写的基本情况，入团志愿，还有团支部大会通过入团的决议及上级团委批示。入团志愿书会保存在个人档案里。