北京新农合和社保是可以合并的，但是要到退休的时候，退休办手续时，把新农合的存折交给人力资源与社会保障局，工作人员就会把两者合并，但是新农合的工龄不会加到社保里面，只能把新农合里面的钱转到社保的账户里面。我退休的时候就是这样的。