现在是分开扣的。但是在同一时间一起扣的。

因为社保包括养老保险和医疗保险，不管你交的是单位五险一金还是灵活就业社保都是在一起的，只是在扣费的时候税务部门会吧养老和医疗分开一个是养老部门的一个是医疗部门的，因为两个部门管理的不一样，一个是管你老了退休给你发养老金的，一个是管你生病住院给你报销的，所以两个部门管理的不是一样的，钱也不可能在一起，这样分开管理会为老百姓提供很好的服务，这两个部门虽然是分开的但有是相辅相成的。