农民工在深圳公司就应该要缴纳社保。因为现在规定，社保都是要缴纳的，不管是农民工还是职工，都是要依法去缴纳社保的。更加不用说农民工了，只要在深圳工作，那么就肯定是要缴纳社保的。缴纳社保还是有很多好处的。可以到退休领取养老金，老有所养老有所依。