关闭煤矿的补偿款应由当地的财政部门发放。按照国家和当地环保部门的相关规定，小煤矿，小炼油属于高污染行业，根据国家环境保护的相关要求，一些地方按照产业发展的需要，关闭一些煤矿，对于关闭的煤矿，按照国家相关文件规定，给于煤矿主一定的补偿款，这笔资金属于政府行为，由当地财政部门发放。