网上停止员工社保的办理流程如下：

第一步：手机下载登录相应APP

第二步：在首页找到“办事”，点击进入“办事”业务办理页面

第三步：在页面中找到“社保”业务

第四步：在办事服务页面中，找到“职工社保停保减员

第五步：选择办理情形，并点击已阅读，开始办理

第六步：根据页面提示的信息进行核对，并点击选择减员类型、减员原因、医保中心，并上传身份证或社保卡正反面点击确定申请即可。

根据相关法律规定可知，用人单位的社会保险登记事项发生变更或者用人单位依法终止的，应当自变更或者终止之日起三十日内，到社会保险经办机构办理变更或者注销社会保险登记。