员工工作期间旷工离职公积金和社保的处理方式为：劳动者应当回原用人单位办理离职手续，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理社会保险关系转移手续，劳动者可以持解除劳动合同证明到住房公积金管理中心和社保局分别办理住房公积金提取和社保转移手续。