当月上了三天班，扣社保按照员工个人的实际工资来进行计算的，如果没有开支的话，可以按照社平工资最低的缴费基数为标准进行计算，扣缴社保的费用。

社保扣缴的费用不是按照员工实际上班的天数被标准进行计算的，也就是说社保是每个月扣一次，这个金额就按社平工资为基准扣缴。