住院用社会保障卡按医保卡里钱扣除住院费用的。现在的社会保障卡和医保卡是同用一个卡，也可以是一卡多用，即能当社会保障卡使用，也可以作为医保卡使用，因为这一张卡是多个功能来使用，需要用钱可到银行取就可以了，想看病同样拿卡就可以，只不过是两本帐，各算各的帐，各用各的钱吧了。社会保障卡就是这样扣费的。