1、昂贵的建置投资成本：ERP的建置需要花费的软、硬件及顾问公司收取的顾问费都是庞大的开支，往往只有大型企业才有能力导入。
2、安全性问题：为合乎电子商务的需要，整合企业功能部门在单一系统所建构出的坚实安全性，在提供网络模块后，受到强烈的挑战。
3、不够充分的信息：系统内部的信息无法与其它企业或部门的系统整合，且也未将企业外部的情报整合其中。
4、高潜在成本：有下列高成本的花费
(1)、训练成本：企业内部人员的教育训练课程成本。
(2)、数据转换成本：数据由旧有系统转置到新ERP系统中的转置成本。
