首先从地理位置上进行区分：高新西区位于成都市西北角、高新南区位于成都市正南方

第二从行政区划上来区分，高新西区是整合了青羊区、郫都区（原郫县）的部分行政辖区而设立的，高新南区是整合了武侯区、双流区（原双流县）的部分行政辖区而设立的。