古细菌在自然界中广泛存在。例如，产甲烷菌在湿地和动物肠道中很常见，它产生的甲烷是一种温室气体奇古菌门栖息于世界各地的土壤和海洋中，是全球氮循环的重要贡献者。
古菌通常人畜无害，很少成为动植物的病原体。目前研究的多数菌株属于泉古菌门和广古菌门，奇古菌门、纳古菌门、初古菌门的菌株相对较少。
初古菌门(korarchaeota)是通过16s rrna序列区分开的一类古菌，来源于美国黄石公园超热环境中的样品。通过荧光原位杂交能够确认它们的存在。但目前还没有能够成功培养的样品，与其它生物的关系也尚未确定。它们有可能并不是一个独立的类群，而是16s rrna发生了某些快速或特殊突变的种类
