前者是自考的，后者是普通民办大学毕业证，但是都是国家认可的证书。自费本科是第二学历，民办本科是第一学历。

自考本科是我国基本高等教育制度之一，自考文凭效力与个人的努力程度相关，成绩合格后由主考学校和高等教育自学考试委员会联合颁发大学毕业证书，国家承认学历，符合条件者由主考大学授予学士学位。

民办本科是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的本科高校或其他教育机构其办学层次是本科。民办本科，包括独立学院、部分中外合作高校的本科专业、民办普通本科高校。