矩阵就是整个星球的主电脑，在之前的变形金刚系列中，曾有塞伯坦变形成巨大的机器人“原始天尊”的情节，所以可认为矩阵就是原始天尊的主电脑，其它变形金刚的火种（主程序）都是由其制造（编写）的 圣贤可视作矩阵的监控及维护程序，而不是杀毒程序，因为圣贤没有攻击力，它可以与某些有益于系统（矩阵）的子程序联系（如猩猩队长或某时刻的树神），对其下达指令，帮助它维护整个系统