winPE启支持大部分GHO文件（可以放入很多的GHO文件），但容易中病毒。ISO格式是吧整个盘分隔开一个做成光驱模式，剩下的部分是做储存。iso格式只有一个GHO文件，且容易损毁存储介质，但是不容易中毒。

实质上没啥区别，都是引导盘。pe实质上可以理解为精简的系统，仅有基本的系统组件。iso启动盘一般是指系统镜像直接制作成启动盘到光盘或者优盘。