一般来说有两种原因

第一种太阳神崇拜，因为太阳是东升吗。而东方民族普遍有太阳崇拜的情节。

第二种是地形限制，比如圣母殿我没记错的话，西边是山吧

另外，晋阳古城在晋祠的东边，而晋祠纪念的是晋国的开国之君，所以圣母殿的朝向要面对晋国的古都。