在线粒体基质中进行，因为在这个循环中几个主要的中间代谢物是含有三个羧基的有机酸，所以称为三羧酸循环，又称为柠檬酸循环。三羧酸循环是需氧生物体内普遍存在的代谢途径。三羧酸循环是三大营养素（糖类、脂类、氨基酸）的最终代谢通路，又是糖类、脂类、氨基酸代谢联系的枢纽。