当水栽蒜苗发生腐烂现象时，需要及时将蒜苗从水中取出，用清水冲洗干净，修剪掉已经腐烂、坏死的部分，在伤口处涂上多菌灵、百菌净溶液，再放置在半阴的环境中晾干，等到伤口完全愈合后，再进行水培。

在水栽蒜苗的过程中，需要每隔3～5天换一次水，减少水体中细菌和杂质的含量，同时还需要添加适量的营养液，加快蒜苗的生长和发育速度。在培养的过程中，不能够经常移动植株，会导致脱根现象的发生。