南京六合有火车站，只是班车比较少，基本上没有几个人乘坐，即将建设的宁淮城际铁路也有六合站。老六合站位于南京市六合区雄州街道，2004年建成使用，为四等站，站点毗邻公交六合北站以及南京地铁S8线的方州广场站，六合站自2013年已经停止办理客运服务。

即将建设的六合西站，到时候北沿江和宁淮会在此并线设站，规模为四台十线，会有不错的发展。