旱獭最大的危害是传染疫病，它们是鼠疫等病原体的自然宿主，其体外寄生虫是鼠疫的传播者，直接危害人类健康。

旱獭在密度不高时，对草场危害并不大，只有数量较多时才能造成危害，与牲畜争草，每只旱獭活动期（即非冬眠期）总共可食牧草25kg它们的挖掘活动破坏草场，洞口附近挖出的土，形成较大的土丘，由于挖洞较深，常把碎沙石块翻出地表覆盖草场。