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水晶石完全是大自然的产物，它生于地下，个别石英水晶石的形成过程需要上亿年的时间。水晶生长在地壳深处，通常都要经历火山和地震。在形成过程中凝结了巨大的热量和力量，然后由“种子”水晶将其释放出来。种子是由一个单一的硅原子在高温高压的作用下，与两个在高温状态下的水原子或周围的蒸汽中释放出来的氧原子组合而成。

原子组合以后就形成了带有单一水晶细胞的二氧化硅，所有的石英水晶都是由这种物质组成的，其副产品为氢