义和团运动一开始不是为了反抗外国殖民者兴起的，清朝末年，受外国殖民者的侵略，以及清政府跟外国殖民者签订的一系列的不平等条约，加剧了中国的动乱，同时也让各地的官僚更加腐败，土地兼并严重，让农民生活更加困难，最终很多底层农民，揭竿而起，形成了早期的义和团运动。

而三元里斗争，是为了抵抗外来侵略者，底层人民自发组织，对抗洋人，做出了保家卫国的英雄壮举，与后来义和团早期运动有明显的区别。