人能辨别不同的颜色，是因为，有不同颜色的光进入了人的眼睛。湖泊有颜色变化的原因就是，随着水深的增加，不同波长的光的反射率不同，进入眼睛的光也就不同了。
湖水的颜色是指位于透明度（拿一个直径25厘米的白色圆盘，沉到湖中，注视着它，直至看不见为止。这时圆盘下沉的深度，就是湖水的透明度）的1/2深处，在圆盘上所显示的湖水的颜色。
一般用水色计1号(浅蓝色)至21号(棕色)表示。
湖水的某种美丽的颜色(如绿色)是溶解了某些矿物质所致，只有在透明度高的湖中，这种颜色才可能显现。
湖水的颜色也受制于水深，因为深度只有超过5米以上，湖水才有可能吸收掉其他色谱的光，而只反射蓝色光。 我国湖水色彩最美的湖泊也在青藏高原。
青藏高原上的湖大多数水色呈青绿色和浅蓝色(水色号为3—9号)。
玛旁雍错的水色最清，为碧蓝色青海湖水呈浅蓝色鄂陵湖、扎陵湖呈青绿色。
在新疆以及内蒙古高原，赛里木湖、新疆天池和内蒙古的岱海水色较清，湖水呈深绿色或淡蓝色(5—9号)博斯腾湖水呈浅绿色。
云贵地区的湖泊以抚仙湖水色最清，为青绿色(5—8号)阳宗海和洱海呈深绿色(8—11号)。
