2007年查干湖成为国家级自然保护区，查干湖也是中国水利部门第一个也是唯一一个国家级自然保护区。

1986年8月2日，吉林省人民政府〔吉政函(1986)131号文〕批准建立吉林省查干湖自然保护区，列为省级自然保护区。设立吉林省查干湖自然保护区管理局。