外形区别：蓝鳍金枪鱼第一背鳍是黄色或蓝色的，第二个红褐色的黄鳍金枪鱼背、臀鳍和小鳍均淡黄色。

大小不同：蓝鳍金枪鱼重量大约150kg，最大可达684kg黄鳍金枪鱼重100kg以上。

营养价值不同：蓝鳍金枪鱼营养价值比黄鳍金枪鱼更高。