1、二者的画幅有区别：E卡口是APS-C画幅微单的镜头卡口，FE卡口是全画幅微单的镜头卡口（兼容APS-C画幅）。

2、二者的兼容性有区别：如果镜头型号带FE，表示该E卡口镜头，可以用于全幅机身。当然，一般的E卡口，只能用APS-C画幅的机身。

3、二者的通用性不同：“FE”代表着索尼全画幅微单镜头，意味着这枚镜头可以用于所有兼容E卡口的APS-C画幅或者全画幅的微单相机。两种卡口的镜头都可以接上APS-C画幅和全画幅的机身，但E卡口镜头不能显示出整个画面，只能显示出中间的一部分。