传统非转基因西红柿：皮薄，成熟后是软的，红色，酸中带甜，易变质腐烂。转基因西红柿：皮厚，果体硬，长期不变质，多种颜色，含红色，橘红色，黄色，绿色，紫色等多种，有些没有西红柿的味道，没有酸味。

传统非转基因西红柿不耐贮藏，尤其是在夏季西红柿成熟后会迅速变红变软、变质腐烂。而转入基因极大提高储藏时间的耐储藏转基因西红柿则可以保存几个月都不坏。已经报道的耐储藏转基因西红柿皮厚果体硬。