1979年，因资金所限，该工程暂时停止建设。到1986年，哈尔滨才再次将地铁修建提上日程，成立了地铁筹备办公室。

1995年，决策层意见不统一:优先建设地铁，还是优先发展松花江北岸后者占了上风，地铁筹建就此搁置。

1998年，哈尔滨市再次成立地铁办公室，并向国家发改委申报建设地铁项目，得到的回复是：全国所有的地铁项目一律停止审批。2005年6月30日，国务院正式审批了哈尔滨地铁工程近期10年规划。