茎的不同：金瓜是一年生草质藤本，茎具卷须，不具刚毛，而南瓜是一年生蔓生草本，茎常节部生根，密被白色短刚毛。

叶片不同：金瓜叶大，叶阔卵形具角棱或浅裂，而南瓜叶片宽卵形或卵圆形。

瓜果形态不同：金瓜果为瓠果词条，硬壳，南瓜没有金瓜外皮硬。