妙蛙种子是第一部出场，关东地区御三家之一，也是小智收服的第四个神奇宝贝。

小智的妙蛙种子在“神奇宝贝乡的妙蛙种子”中首次登场。尽管一开始对小智非常警惕，但是后来小智取得了它的信任，然后它就向小智发起挑战。小智使用皮卡丘与它对战，最后成功收服了它。与之后两集收服的小火龙和杰尼龟不同，妙蛙种子在小智的队伍中一直待到再见妙蛙种子，大木家后院大冒险。小智将妙蛙种子留在大木博士的研究所负责调解宝神奇宝贝们的纷争。