《水怪2：黑木林》影片主要讲述上海巡捕房探长女儿杜家佳到有水怪的上水镇寻找失踪弟弟杜家豪的下落，进而揭开自己身世之谜的故事。

据镇长殷肖天所言，上水镇河里有神兽，水猴爷，拜了可保一家上下平安，犯忌则会招致降灾严惩。

杜家佳刚到上水镇，接连死了四个人。镇上的人一致认同受害者犯忌，惹怒了水猴爷，才遭报应。

杜家佳下榻在弟弟住过的宅子，结识了小六子，且救助了一个遍体鳞伤的老人。抓捕过程很有策略性。此外，水生生前布置的机关亦功不可没。