球藻基本上生活在淡水中，但在淡水及盐水混合(盐度0.5-30‰)的水域中也可发现。球藻的耐冷性及耐暗性非常的强，在冰箱中冷藏数个月也不会死。这是由于球藻生长的湖泊都位于高纬度地区，冬天的结冰期非常的长。但是球藻非常的怕热，耐热极限约为35℃。一般球藻是沉在湖底的，但随着光合作用的进行，氧气气泡附着在球藻上，也有可能使之浮起。球状体的生长速度约为一年5毫米。在阿寒湖，个体直径约为20-30公分。