s21沙漠高速公路暂时是不收费的，S21全线共设置收费站6处，分别为福海南匝道收费站(K0+000)、吉力湖匝道收费站(K15+383)、黄花沟匝道收费站(K65+883)、103团师道收费站(K290+772)、102团北匝道收费站(K311+307)、102团主线收费站(K322+105)。