两者的主要区别为来源不同。蛇菰来源于蛇菰科蛇菰属植物蛇菰的全草。植物蛇菰分布于广东海南岛，别称 角菌、铺地开花。锁阳来源于锁阳科、锁阳属多年生肉质寄生草本，无叶绿素，全株红棕色，大部分埋于沙中。分布于中国多省区，生于荒漠草原。