总统府的前身是清朝两江总督府衙所在地，曾国藩、李鸿章、曾国荃等都在这里做过两江总督。太平天国时期，太平军攻占南京并改名为天京，而天王洪秀全的宫殿，便在这里。

曾国荃率领湘军攻破天京后将天王府付诸一炬，之后，这里又重新成为清王朝的两江总督府衙。