福尔马林是甲醛的水溶液，甲醛可以使动物标本中的蛋白质变性，主要是由于构成生物体(包括细菌)本身的蛋白质上的氨基能跟甲醛发生反应。

福尔马林色素又称甲醛色素。甲醛易氧化自行分解产生甲酸而使溶液呈酸性，故经福尔马林固定时间较久或用酸性福尔马林固定过的组织，特别是含血液多的血栓、肝、脾、骨髓及发生血肿、淤血、出血和溶血时的组织，易产生黑色素或棕黑色的酸性甲醛羟基血红素沉淀，即通常说的福尔马林色素。此种色素无光泽，不溶于水、酒精、二甲苯等