首先我认为做纳豆首选黄豆，其次是黑豆，至于其他豆子做纳豆都不太理想，这和纳豆菌的食性有关，纳豆菌以蛋白质为食，而蛋白质含量最高的就是黄豆，黑豆的蛋白质含量也很高，而且黑豆皮中含有大量花青素，综合营养价值要高于黄豆，但是黑豆的皮比较厚，纳豆菌要穿过豆皮才能发酵，所以黑豆发酵纳豆不如黄豆程度高，纳豆粘丝要少一些，口感也偏硬。

而其他豆子比如：红豆、绿豆，豌豆，鹰嘴豆等等也含有蛋白质，但淀粉含量较高，做纳豆容易发酸，所以不建议用来做纳豆。