6月大气层不稳定的主要原因：

1、在全球变暖背景下，大气环流系统不稳定性加强，导致大气层对流活动增强，变化幅度较大，增加了大气层不稳定因素。

2、持续的拉尼娜事件为今年南海夏季风暴发偏早、我国雨季进程偏早提供了重要的气候背景，季风环流引导的西南水汽输送偏强，也会引起大气层变化多端。

3、水汽条件充沛的同时，欧亚中高纬度大气环流经向度增大，影响局部地区的冷空气活动频繁，尤其6月以来东北冷涡更加活跃并向南发展加强，引导冷空气南下，也导致大气层不稳定。