1985年秋天，凌家滩村村民万传仓的母亲去世，万为其母在村北面的土岗上挖墓穴时，从地下挖出玉环、石锄、石凿、石铲等一批玉器、石器。时任乡文化站站长的李余和同志闻讯后，根据国家对出土文物保护的有关规定对这批文物做出安排处理。同时上报县文化局和文物所，经由县文物所转报安徽省考古研究所。自此而发现了这座在地下埋藏了5000多年的新石器晚期重要遗址。

1987年6月，安徽省考古研究所成立凌家滩考古发掘队，对凌家滩遗址进行正式发掘。