交河古城的消失是因为元朝时，交河古城毁于西北少数民族的混乱战争之中。居民随之他迁，古城遂被废弃。

交河城是因为特殊地势而得名，由于宅地控天山南麓，北接匈奴，西通龟兹，因此是汉通西域时与北方游牧民族必争之地。

从晋开始直到唐初，这里一直是高昌国的交河郡治所。公元640年唐太宗派人在此设交河县，九世纪中叶，这里曾为吐蕃所陷，以后交河城又为回鹘高昌国属地，设交河州。