有区别。沙漠瓜是种在沙漠里的，各种瓜都可以种。石头瓜特指在地表铺满碎石头的地里种出的硒砂瓜。在宁夏的中卫、固原、吴忠等地的戈壁滩或石化地带，当地农民根据当地干旱少雨的气候特征，发明了用碎石片覆盖地面以保墒避晒的耕作形式。

这样种出来的瓜，含水量大，瓜瓤甜蜜细沙，个儿大，皮厚，耐储运。