九寨沟海子分布在三条沟内，都在景区内，数量总计16个。其中则查洼沟海子有上、下季节海，五彩池，长海日则沟海子有天鹅海，芳草海，箭竹海，熊猫海，五花海，金铃海，镜海树正沟海子有犀牛海，老虎海，卧龙海，双龙海，芦苇海。