可爱一般指容貌或性格对外传递出单纯、乖巧的信息。其含义的侧重点是表情、性格上的孩子气。

清纯则是单指女性容貌对外传递出纯洁、干净的信息。其含义的侧重点是少女的纯洁。

可爱可以形容一切孩子气的神情、行为。而清纯只能形容少女的容貌。