黄河干流总共有鱼类121种（亚种），干流中纯淡水鱼类有98种。主要经济鱼类有花斑裸鲤、极边扁咽齿鱼、厚唇裸重唇鱼、黄河裸裂尻鱼、瓦氏雅罗鱼、北方铜鱼（鸽子鱼）、鲤鱼、鲫鱼。

黄河上游鱼类种类只有16种，组成也较简单，仅有鲤科、鳅两科的裂腹鱼、雅罗鱼、条鳅等。中下游鱼类大体相似，均以鲤科为主。

中游有71种鱼类，但缺乏自然的鲢、鳙、鳊、鲂等典型平原类群的鱼类，中游上段有与上游共有的裂腹鱼和条鳅等，下游的鱼类种类和数量都较多，有78种。