标本可以采用痰液、支气管肺泡灌洗液、支气管冲洗液、骨髓液、洗胃液、粪便、新鲜组织、随机尿液、伤口组织和体液试子。

主要的应用是快速诊断和隔离可能受结核分枝杆菌的患者，这点是非常重要的。因为结核分枝杆菌，容易在空气当中扩散颗粒，而且结核病和艾滋病相关的发病率比较高。

至今出现耐一种或更多种抗结核药物的结核分枝杆菌的数量正在增加，检测痰标本抗酸染色可以快速确定受感染个体。